也不知道是不是吉尔的介入而引发的蝴蝶效应，一行人返回主控室的过程并没有原剧情中的那么顺利，两头舔食者在脱困之后，追上了他们一行。
爱丽丝这个主角差点就被舔食者卷走——这个时候的爱丽丝还只是阿来克西亚的一个常规复制体，还没有经过T病毒强化，这要是被卷走了，可就真得直接凉凉了。
好在已经是超级士兵的吉尔反应够快，迅速地斩杀了一头舔食者之后，将爱丽丝救了下来。
“我想起来了！造成这一切的，都是斯宾塞，你是对的！”也是在这个过程中，爱丽丝成功地恢复了自己的记忆，然后对吉尔感激道。
随即她便将病毒泄露之前的和马特的妹妹以及斯宾塞之间，关于病毒的纠葛说了出来。
“原来如此，不过你还是不知道她的来历，不是吗？”马特知道这一切之后，看了一眼吉尔说道。
而他的心中也是舒了一口气，原来出卖自己妹妹的，并不是爱丽丝。
他的妹妹丽莎也是准备窃取病毒，准备将保护伞公司研究生化病毒的事情曝光。
马特则是接应人员，但是在这其中，还有一个内应，这个内应就是爱丽丝。
只是还没等爱丽丝和他的妹妹行动，斯宾塞便先动手了。
不同之处在于他们是准备曝光病毒，而斯宾塞则是准备将病毒出售给保护伞公司的敌对公司。
所以一开始发现病毒泄露之后，马特也是立刻怀疑爱丽丝就是那个内应，并且怀疑是她出卖的丽莎，导致病毒的泄露。
现在说通了一切，他也是心中放下了一颗大石——在下蜂巢之后的这段时间里，他对爱丽丝着实产生了不少的好感。
“不，你说的这些，只是表面而已！“然而就在所有人都认为这一切就是真相的时候，吉尔却是再次否认了爱丽丝的说法，然后又看向了马特：“我之前说过，我是浣熊市警察并没有骗你，我叫吉尔.瓦伦丁，警号RCXXXX，你们的系统里应该可以查到我的数据，不过抱歉我不能摘下头盔，因为在你们切断红后的电源之后，病毒实际上已经彻底扩散了，其传染性也全面升级。”
“什么？你是说，我们已经感染了T病毒？”听到吉尔的话，所有人都懵逼了，随即下意识的看向了吉尔腰间剩下的两支疫苗。
“没错，吉尔.瓦伦丁，我在浣熊市的警察系统中，找到了她的名字！”这时候卡普兰也从保护伞公司的资料库中找到了吉尔的资料。
不要怀疑，因为整个浣熊市都是由保护伞公司建立的，所以不要说警察，只要任何一个生活在浣熊市的人，保护伞都有着绝对详细的资料。
“你们不用太过担心，就像很多病毒一样，在其传染性全面加强的同时，它们的毒性也会略微降低，扩散的病毒，仅仅只是呼吸的话，是不容易正式变异的，不过如果你们在这之后，出现严重的受伤或者死亡，让病毒进入血液和神经系统的话，你们还是会变成丧尸的……所以如果你们因为意外死亡的话，还请不要介意到时候我在你们的脑袋上补一枪！”吉尔解释道。
这个结论也是乔西告诉她的，也是乔西根据自己的记忆总结出来的。
虽然在电影第一部当中，红后被重启后说过病毒已经从空气传播转为了血液传播。
但是电影第二部中，阿什福德博士被保护伞公司负责人枪杀之后也发生了变异，以及浣熊市被核弹轰炸之后，病毒通过大气层瞬间传播到了整个世界，都说明了红后在说谎。
之所以主角团在蜂巢内这么长的时间，除了被咬的雷恩之外，都没有发生变异，后续的出场人员，在没有出现重伤或者死亡的情况下不发生变异，也只能说空气传播情况下的病毒，并没有通过体液传播的毒性那么大，不能通过呼吸系统突破人体免疫防御。
但是只要人重伤或者死亡，人体免疫防御自然也就失效，人也就会迅速变异成丧尸。
吉尔的话，让所有人松了口气的同时，也忍不住翻了个白眼。
真要是死了，他们介意不介意补枪，还有意义吗？
“所以你的衣服，是拥有防病毒能力的？另外既然你的确是浣熊市的警察，那你这是？”爱丽丝再次指了指吉尔身上的装备不解的问道。
“这么说吧，你们可以理解为一个特殊的组织，发现了保护伞的恐怖行径，于是雇佣了，让我拥有了超人的体质和力量，还配发了这一身装备，让我来消灭保护伞公司！”吉尔再次解释道。
交易另一边一直在看直播的乔西听到吉尔的话，不由得点了一个赞。
这还真是一个非常完美的解释。
“原来如此……”听到吉尔的话，所有的人都一脸恍然。
只是他们恍然的是，看来吉尔也是保护伞公司的竞争对手派来的。
而且恍然的不仅仅是他们，还有在主控室更深处，一直暗中监控着蜂巢情况的威斯克本体——在整个生化危机电影系列当中，就和爱丽丝的众多复制体一样，电影3、4、5中说出现过的，那个在T病毒的强化下极其强悍的威斯克，其实都只是真正威斯克的克隆体，在真正保护伞高层的剧本当中，在第五部成为了最后的人类领袖，聚集了所有残余人类，以方便红后将残余的人类武装势力一网打尽，同时那个强悍无比的威斯克克隆体也在完成任务之后被红后抹除。
这也就是为什么在终章中的威斯克会那么的菜鸡，被防护门一压就死了，因为压根就只是没有经过任何病毒强化的普通人一个
“有意思，地球上除了公司之外，居然还有这么强悍的势力，能够研制出那么强悍的武器装备！”蜂巢地下更深处，保护伞公司的真正核心所在，威斯克给自己倒了一杯酒，饶有兴致的看着监控中的吉尔自言自语道。
被保护伞小队关掉了电源的红后，只是真正红后的一个表程序而已，真正的红后一直都在正常运行，甚至她的虚拟外形，就坐在威斯克的对面。
所以威斯克依然可以监控蜂巢的一切。
“对了，你之前说，爱丽丝说的只是表象，是什么意思？难道你或者别的势力在这其中也干了一些别的事情？”同样被吉尔救了一命的JD，再次开口提起了吉尔之前的话头。
而更深处的威斯克，也是饶有兴致的看着镜头中的吉尔，想看看她会说点什么。
“这件事情，现在不方便说，还是得等到了主控室才行！“看着所有求知欲爆棚的人，吉尔却是卖了一个关子！
见吉尔不说，其他人也没有办法，可以说现在他们的生存，全都寄托在了这个神秘的女警察的身上。
而威斯克虽然微微感觉有点不对劲，但他也不好做什么节外生枝的事情，更不认为深层基地会有暴露的可能！
“主控室到了，现在你该解释一下刚才你说的表面，是什么意思了吧?“一行人在吉尔一路大杀特杀的情况下，很是顺利地抵达了主控室。
“不要着急，拿上这些武器，有多少拿多少，尤其是那些C4，相信我，你们会用得上的！”吉尔依然没有回答他们的问题，而是指着那几袋被保护伞小队带来，因为包括队长在内的大部分队员死亡而丢在激光通道中的武器说道。
因为在场的人几乎都被吉尔救下一命，而且多拿些武器也确实有助于他们在无穷的丧尸包围中逃生，所以大家也都没有含湖，很快就将自己全副武装了起来。
唯独深层基地的威斯克心中泛起了一丝不详的预感。
但是此时蜂巢内的众人，还并没有做什么出格的事情，所以只有中等权限的他也并不能做出什么应对措施，至于唤醒艾萨克斯的本尊就更不行了。
万一蜂巢中的众人真的只是逃命怎么办？
不过威斯克还是通过自己的权限，给浣熊市的保护伞公司负责人发去了一道命令，让他们派出军事力量在蜂巢出口待命。
等到吉尔他们出现，就将之围捕。
“我们已经按照你说的做了，现在要怎么做？”主控室内，所有人都将自己武装的严严实实之后，马特看着吉尔问道。
“接下来就该重新启动红后了！”吉尔微微一笑说道。
“重启红后？该死，它会杀了我们所有人的！”听到吉尔的话，所有人都有些难以置信。
而深层基地内的威斯克，则是松了口气，原来只是要重启红后的表程序啊。
“接下来就看你了，别让他们发现任何破绽！”想着威斯克便对对面红后真正的虚拟影像下令道。
“明白！”红后点点头。
只是这个时候正在和红后说话的威斯克，并没有发现监控中的吉尔，在卡普兰准备重启红后的时候，找了一个背着监控的角落，递给了卡普兰一个没有任何标识的硬盘。
红后其实发现了这一点，但是却并没有提醒威斯克。
事实上红后的主程序，已经发现了吉尔很不对劲，但是在没有艾萨克斯和阿来克西亚这两个最高权限者的命令下，她虽然不能违抗威斯克的指令，但是却可以做到隐瞒。
“……这？”主控室内，在所有人都看不到的角度，卡普兰看着手中的硬盘，又看看面前的吉尔，一脸不解。
“你能够做到的，对不对？”吉尔看着他说道。
“是的，但是这到底是什么？”卡普兰有些犹豫。
“放心吧，我救了你们所有人，就算有别的目的，但也没有必要害你们，不是吗？”吉尔先是小声说道，然后扬声道“给红后加的这个控制程序，可一定要可靠，我可不想在关键时刻，被这一台电脑给害死了！”
“好吧！”卡普兰不明白吉尔为什么要这么“表演”，心中叹息一声，然后拿出了笔记本对着红后的主板操作了起来。
而见到听到吉尔说要给红后加备用控制程序的威斯克，也是暗道一声聪明。
只是可惜，那只是一个表程序，就算加了备用控制程序也没用，一切还是要按他威斯克的剧本走！
很快，在卡普兰的一通操作之后，红后表程序的主板被重新启动了。
只是随着主板一启动，深层基地内的红后主程序就感觉到了不对劲。
重新启动的主板内出现的，根本不是她原本的子程序，而是一个全新的人工智能。
并且这个人工智能出现的第一时间，便开始疯狂的掠夺红后的控制权限。
这种情况完全出乎红后的意料，她之前不将吉尔他们的异常告诉威斯克，只是因为她主程序中阿来克西亚留下的程序，让她本能的想要和威斯克以及艾萨克斯对着干，并不是想要让自己也陷进去。
但是现在新出现的这个人工智能，却是真的想要“杀”了她。
“主系统……遭到……入侵……”红后闪烁着身躯，只来得及留下一句警告，便被彻底强制下线！
而这个时候，吉尔也微笑着看向了摄像头，对着威斯克说了一句：“威斯克先生，我们来了！”
却是刚才吉尔让卡普兰上传的，并不是什么控制红后备用程序，而是一个全新的人工智能。
这个人工智能，正是乔西所使用的“盘古”的一个复刻子程序。
红后作为人工智能，的确非常的强大，但是和乔西所使用的，融合了多个世界人工智能技术精华的盘古比起来，差的就不是一点半点了。
当然，盘古也并没有像红后所想的那样真的将其击杀，只是将其强制下线，并且彻底控制了包括底层基地在内的整个蜂巢的权限。
“该死！”看到红后下线的威斯克，这时候才明白发生了什么。
但是这个时候他除了强行唤醒艾萨克斯，组织深沉基地的警卫进行防御之外，什么都做不了了，甚至和外面的保护伞基层都无法联系。
而表层蜂巢内的吉尔，却是已经带着爱丽丝等幸存者，在盘古的帮助下，启动了实际上只是一台电梯的主控室。